Indoor-Bonsai können mit allen gängigen Bonsai-Düngemitteln versorgt werden. Sie vertragen sowohl organische als auch anorganische Dünger. Organische Dünger wirken als Langzeitdünger, denn sie verteilen sich nur langsam im Boden und haben deshalb eine längere Wirkdauer. Überdüngung ist bei den organischen Düngemitteln ausgeschlossen, da sie ihre Nährstoffe nur Stück für Stück abgeben. Bei der Anwendung von anorganischen Düngern ist eine Überdüngung hingegen schnell geschehen. Dafür bestechen sie durch ihre schnelle Wirkweise.

Generell befindet sich auf jeder Flasche oder Verpackungseinheit von Dünger eine Anleitung zum Umgang mit dem Dünger, bzw. den Nährstoffen.

Wenn man sich an diese Anleitung hält sollten viele Probleme schon umgangen sein. Falls man sehr empfindliche Pflanzen düngen möchte empfiehlt sich oftmals eine direkte Anfrage beim Hersteller der oftmals Erfahrungswerte zu verschiedenen Pflanzentypen hat.

Aus der Erfahrung heraus sollte man bei den Menganangaben auf dem Dünger selber vorsichtig sein, denn oftmals überdosiert man schnell und die empfindlichen Wurzeln verbrennen schnell.