Indoor-Bonsai können mit allen gängigen Bonsai-Düngemitteln versorgt werden. Sie vertragen sowohl organische als auch anorganische Dünger. Organische Dünger wirken als Langzeitdünger, denn sie verteilen sich nur langsam im Boden und haben deshalb eine längere Wirkdauer. Überdüngung ist bei den organischen Düngemitteln ausgeschlossen, da sie ihre Nährstoffe nur Stück für Stück abgeben. Bei der Anwendung von anorganischen Düngern ist eine Überdüngung hingegen schnell geschehen. Dafür bestechen sie durch ihre schnelle Wirkweise.