Indoor-Bonsai können mit allen gängigen Bonsai-Düngemitteln versorgt werden. Sie vertragen sowohl organische als auch anorganische Dünger. Organische Dünger wirken als Langzeitdünger, denn sie verteilen sich nur langsam im Boden und haben deshalb eine längere Wirkdauer. Überdüngung ist bei den organischen Düngemitteln ausgeschlossen, da sie ihre Nährstoffe nur Stück für Stück abgeben. Bei der Anwendung von anorganischen Düngern ist eine Überdüngung hingegen schnell geschehen. Dafür bestechen sie durch ihre schnelle Wirkweise.

Düngen sollte man seinen Indoor-Bonsai regelmäßig von April bis Oktober. Für gewöhnlich werden Bonsai während ihrer Wachstumsphase im zwei Wochen-Takt mit Dünger versorgt. Zusätzlich zu den normalen Düngergaben empfiehlt sich einmal im Monat ein spezieller Eisendünger, der für grüne Bonsai-Blätter sorgt. Im Spätsommer bis in den Herbst hinein lohnt es sich, auf besonders kaliumhaltige Dünger umzusteigen.

Sie sorgen dafür, dass sich der Bonsai auf den Winter vorbereiten kann. Wenn man allerdings eine Pflanzenleuchte hat, die den Bonsai auch in den trüben Wintermonaten mit ausreichend Licht versorgt, braucht es diese Kaliumzufuhr nicht und man kann ihn wie zuvor düngen. Ohne künstliche Beleuchtung stellt der Bonsai jedoch sein Wachstum ein und sollte dementsprechend weniger gedüngt werden.

Für den im Garten angesiedelten Outdoor-Bonsai gelten dagegen strengere Regeln. So darf der in Kieserde untergebrachte Outdoor-Bonsai nur mit organischem Feststoffdünger, beispielsweise mit Manna spezial oder Bio Gold, gedüngt werden. Ist der Nährboden des draußen beheimateten Bonsais jedoch humos, empfiehlt sich eher Flüssigdünger – zum Beispiel Wuxal oder Kakteendünger. Gedüngt wird der Outdoor-Bonsai erst nach seinem Austrieb.

Die Abschlussdüngung findet Ende August/Anfang September statt und sorgt für die Winterhärte des Bonsai. Für diesen Zweck eignet sich Kakteendünger hervorragend, ebenso wie spezieller Bonsaidünger für den Abschluss. Was allerdings sowohl für das Düngen der In- als auch Outdoor-Bonsai entscheidend ist: man darf nur düngen, wenn die Bonsai-Erde feucht ist. Außerdem dürfen Bonsai in ihrer Blüte nicht gedüngt werden, ebenso wie kurz nach dem Umtopfen.